Cas9蛋白的CDS長達4kb ，克隆難度和包毒難度都相對大 ，將Cas9基因高效導入細胞是應用Cas9/CRISPR係統進行基因敲除的難點之一 ，極大地限製可供選擇的將基因導入細胞的方法 。並且在用CRISPR/Cas9係統進行基因敲除時 ，還需要同時轉入識別靶點的gRNA ，篩選陽性細胞的抗性基因或熒光基因 ，用同源重組法進行基因敲除 ，還需要導入同源重組模板 。如此多的基因共同表達 ，很難得到較高的基因編輯效率 ，造成後續的陽性克隆篩選和檢測工作難度大 。

南宮娛樂推薦使用慢病毒Cas9表達體係 ，該體係采用慢病毒體係先在細胞中穩定表達Cas9蛋白 ，構建穩定表達Cas9蛋白的細胞係 ，再在該細胞係的基礎上導入gRNA和基因敲除實驗中用到的其它原件 。